Des logiciels utiles (en vrac)

Game SDKs

Neoaxis (SDK) Un SDK facile à prendre en main, et relativement complet, pour créer un jeu AAA rapidement. Gratuit depuis peu, et partiellement Open-Source.
Unity (SDK) Un SDK complet, cross-plateform, gratuit (en dessous d'un CA de $100k/an) et plus puissant que Neoaxis, mais un peu plus difficile à prendre en main. Beaucoup de ressources sont disponibles dans leur "store".
Unreal Engine (SDK) Probablement le plus puissant des SDK et le plus réaliste, mais aussi le plus complexe (car complet) à prendre en main, avec un store très fourni également. Gratuit en dessous de $3k/trimestre (5% du CA au-dessus).

Développement

Notepad++ Un éditeur simple et léger, mais insuffisant
IntelliJ/PHPStorm Un excellent IDE, payant, mais qui vaut largement son coût (licence perpétuelle)
HeidiSQL Un très bon client SQL (MySQL, Postgres, etc) qui remplace avantageusement phpMyAdmin (inadapté) ou MySQL Workbench (très instable)
FakeSMTP Un faux serveur SMTP permettant de tester les envois de mails en local, et d'ouvrir le résultat dans votre client mail habituel (ie: Thunderbird ou Outlook)
NetBeans Un IDE acceptable et gratuit, mais un peu à la bourre (PHP 7 est mal supporté)
SonarQube Un outil d'analyse de code, qui n'est pas franchement utile si vous utilisez IntelliJ
Mercurial Permet de faire du versionning, pour garder une trace de toutes les modifications faites sur le code et les ressources du projet, avec la raison de ces modifications
Magallanes Outil de déploiement écrit en PHP, que j'ai finalement abandonné (un simple script PHP ou bash classique suffit amplement)
Siege Outil de benchmark pour tester les temps de chargement des pages web d'un site (de votre jeu par exemple)
Jenkins Outil d'intégration continue (CI), de déploiement, de CRON, etc. Je pense qu'il est overkill pour un jeu web; il n'est utile que si vous avez une équipe avec des dizaines de personnes et de projets.
Selenium Permet d'automatiser des tests d'intégration, c'est à dire des tests dans le navigateur. Je trouve cela trop lourd et surfait pour un petit jeu web, surtout s'il vous arrive souvent de "revenir en arrière" (modifications cassantes de l'interface).
Doxygen Un outil de génération de documentation à partir du code source et des commentaires qui s'y trouvent. Certainement inutile pour un jeu web où vous serez seul développeur. Cela ne vous dispense pas de commenter clairement votre code et vos intentions de jeu!

Cyber-sécurité

Voir aussi l'article listant les outils de sécurité.

HashCat Outil d'attaque des hashs (md5, sha1, sha2, etc) pour tenter de retrouver le mot de passe original. L'outil ne cracke pas tout, tout seul: pour être efficace, vous devrez mener une attaque intelligente, pas forcément un force-brute bourrin!
Metasploit Un outil de pentest très répandu exploitant les failles de sécurité connues dans les outils répandus (Windows, Apache, PHP, Wordpress, etc)
Kali Un OS (Debian) dédié à la sécurité (offensive), dans lequel se trouve déjà un large pannel d'outils de sécu.
OllyDbg Un outil pour débugger les exécutables, les dé-assembler, et ainsi, créer de vrais "cracks" pour ces exécutables .
dnSpy Un décompilateur pour les exécutables en .NET .
inspectrum Analyseur de fréquences pour les fichiers de données radio.
Nagios Outil de monitoring réseau (certainement inutile pour vous: c'est votre hébergeur, comme OVH, qui a besoin de ce genre de choses)

CMS

Les CMS et les générateurs de jeux web sont très pratiques, mais n'oubliez pas: un jeu sans contenu est comme un blog sans article. Votre jeu ne commence à exister que lorsque vous en créez le contenu, comme un blog n'aura d'intérêt que lorsqu'il proposera des articles de qualité (et non au moment où vous aurez fini d'installer Wordpress).
Le CMS/générateur de jeu ne fait donc pas tout, loin de là!

WordPress Un CMS (gestionnaire de contenu) suffisant pour faire un petit blog/devblog autour de votre jeu
phpBB Un forum open source tout prêt pour la communauté de votre jeu, écrit évidemment en PHP
Question2Answer Une FAQ communautaire open source écrite en PHP (attention, les spammers l'aiment beaucoup!)
MediaWiki Un wiki (une encyclopédie communautaire) écrit en PHP. Je la trouve très lourde à installer, et surtout, à mettre à jour; privilégiez un Wordpress (il y a peu de chances que vous ayez réellement besoin de l'aspect "communautaire et libre" d'un wiki).
Mamafia Un site pour créer rapidement un jeu de mafia… Sauf que trois clics pour "faire un jeu", ça ne marche pas en pratique :) Il vous faut du contenu, une communauté, et tenir tout ça dans le temps.
XNova Sur le même principe que Mamafia, mais pour créer des clones d'ogame. Là encore, créer un clone ne sert à rien: il vous faut une communauté de joueurs, et éventuellement, du contenu original…! Notez également que la techno est passée de PHP à NodeJS.

Autres logiciels

SnapRAID RAID logiciel open-source, à lancer à la main. Excellent si vous avez beaucoup de disques durs à backuper, et peu de place pour faire ce backup.
FreeFileSync Utilitaire gratuit pour créer un programme de synchronisation entre plusieurs dossiers (ie: entre votre PC et vos backups); remplace rsync pour Windows (en gros).
Discord Un service de tchat gratuit très simple à mettre en place, à gérer et même, à interfacer au moyen de bots/hooks. Je vous conseille de passer par là pour garder un contact direct avec votre communauté, et même, pour l'intégrer dans votre jeu web sous la forme d'un tchat
FileZilla Un client FTP permettant de voir et manipuler les fichiers de son serveur en ligne. A ne pas utiliser pour faire un déploiement, mais pratique pour uploader un fichier sur un espace perso (pas sur votre jeu web!) ou consulter les sources effectives de votre jeu.
GraphViz Une petite calculatrice graphique 2D/3D légère et simple à utiliser. Idéale pour visualiser une courbe ou une fonction rapidement.
FreeMind Un logiciel de mindmapping, c'est à dire pour dessiner des jolis trucs liés entre eux par des traits. Au final, je ne trouve pas ça très utile, pas plus en tous cas qu'un papier et un crayon.
RRDTools Permet de visualiser des diagrammes de données
Aspell Une bibliothèque de vérification orthographique